近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）高远团队与动物研究所赵方庆团队，开发出面向TB级转录组数据的高效环形RNA检测与定量工具CIRI3，通过反向剪接序列比对与跨样本整合算法设计，实现了TB级数据的超高速处理，并可高灵敏识别低丰度及非传统剪接信号的新型环形RNA，突破了环形RNA大规模检测方法的灵敏度与计算效率瓶颈。
针对现有环形RNA计算工具效率低、内存占用大等问题，CIRI3采用动态多线程任务划分与分块查找策略，实现了TB级测序数据的超高效处理（处理21TB SAM文件仅需105小时，峰值内存占用45.85 GB）。CIRI3可实现对大规模样本的联合分析。相较于单一样本分析，联合分析可有效防止“漏检”，使得环形RNA的检出率提升19.3%，并提升了低丰度环形RNA的检测灵敏度与定量精度。同时，CIRI3对非经典剪接信号等关键特征具有高度的可扩展性，实现了对内含子自连接型环状RNA等新亚型的系统性识别。综合性能评估表明，CIRI3在环形RNA的识别与定量方面均优于现有工具，可为大规模环形RNA研究及疾病生物标志物的挖掘提供技术支撑。
基于CIRI3的大规模数据挖掘能力，研究团队对涵盖30种癌症类型的2535个人类癌症及正常样本转录组测序数据进行整合挖掘，构建出迄今规模最大的AI-ready肿瘤相关环形RNA数据资源CIRIonco。评估表明，CIRI3计算的环形RNA剪接比率在不同批次和不同来源的样本间表现出高度的稳健性，其批次效应低于传统的反向剪接读段数，使其成为跨批次、跨平台整合分析的更优指标。进一步，基于差异剪接的环形RNA，团队构建了基于人工智能的组织类型溯源与疾病表型预测模型，实现了样本来源器官系统、组织类型及疾病水平的精准预测，展示了环形RNA作为疾病分子分型与早期诊断生物标志物的潜力。该模型可在用户小规模数据集上迁移学习，实现优于从头训练模型的预测性能，为解析环形RNA的生成调控与功能机制提供了计算工具。
CIRI3是可在TB级人群队列转录组数据中高效检测和精确定量环形RNA的工具；CIRIonco数据库为癌症相关环形RNA的研究与功能探索提供了AI-ready数据集与计算模型，并为环形RNA在癌症分型和精准诊断中的应用提供了方法学工具和数据基础。
相关研究成果发表在《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）上。研究工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金、中国科学院战略性先导科技专项等的支持。
论文链接
CIRI3源代码、在线分析网页
CIRIonco数据库
CIRI3方法原理
CIRIonco数据库及组织类型溯源与疾病表型预测模型
? 张焕乔（1933—） 1933年12月23日生于重庆。1956年毕业于北京大学物理系。1997年当选为中国科学院院士。中国原子 本报讯（记者 郑翅）近日，教育部印发通知部署开展“24365校园招聘服务”全国教育系统2025届高校毕业生招聘活动，积极为高校毕业生与用人单位搭建人才供需精准对接平台，引导更多高校毕业生到教育 中国教育报-中国教育新闻网讯（记者 苏峰）近日，山西省临汾市学前教育教研共同体第五责任区教研活动在隰县召开现场会，第五责任区教研专家，蒲县、永和县及隰县教体局相关人员和幼儿园园长、教师代表 “欢迎小主人回家。天黑了，已经为你打开客厅灯光和空调，电视正在播放你喜欢的新闻联播……”“老师快看！‘小飞’和我互动了！”在天津益中学校的人工智能实验室里，学生们在老师的指导下操控平板电 中国教育报-中国教育新闻网讯（记者 方梦宇）近日，由教育部学校规划建设发展中心主办，合肥工业大学承办的2024国际产学研用合作会议新能源与智能网联汽车研讨会在合肥召开。来自国内外知名高校、企 中国教育报-中国教育新闻网讯（记者 周洪松 通讯员 李艳 张霄 蒋钰皓）一句句质朴的话语、一个个感人的故事、一段段震撼的人生感悟，不时激起在场学子的阵阵掌声……日前，河北省“劳模工匠进校园” 。本文链接：研究开发出高效环形RNA检测与定量工具http://www.sushuapos.com/show-12-1888-0.html
声明：本网站为非营利性网站，本网页内容由互联网博主自发贡献，不代表本站观点，本站不承担任何法律责任。天上不会到馅饼，请大家谨防诈骗！若有侵权等问题请及时与本网联系，我们将在第一时间删除处理。