RNA剪接调控是多样转录本产生的核心过程，其调控模式影响转录本的序列、结构及功能特征。长读长转录组测序技术为解析同一基因中不同RNA转录本的相对比例、识别各类组织和细胞类型的特异表达转录本全长，提供了技术支撑。但受限于样本获取难、测序成本高等因素，可用于复杂生理状态下转录本水平剪接分析数据仍不足。现有算法可预测个别样品中剪接位点强度，却难以实现转录本水平的预测，且对未知组织及细胞类型的扩展能力有限。
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）科研团队研发了可用于转录本水平RNA剪接预测的模型HELIX。该模型通过整合基因组序列与组织特异性的RNA结合蛋白表达矩阵，可高精度预测RNA剪接与转录本使用模式，为解析复杂生理条件下的可变剪接提供了高性能工具。
HELIX依托上下文依赖剪接调控机制构建，采用层次化深度学习子模型嵌套策略。这一策略基于DNA序列预测剪接位点及其基线强度，结合1499个RNA结合蛋白的表达特征，精准预测具体样本中的剪接调控水平，最后利用基于嵌入继承的长短期记忆网络，解析多个剪接位点间的依赖关系。评估显示，HELIX在高度调控位点及转录本相对比例预测方面较现有主流方法具有优势。
研究表明，HELIX可解析疾病研究中的异常RNA剪接及转录本使用特征。团队基于大规模结直肠癌队列，识别了肿瘤细胞中剪接失调与转录本表达异常现象，发现其与基因组突变、RNA结合蛋白表达异常及临床特征密切相关，为理解肿瘤发生机制及患者分层提供了分子特征依据。
团队进一步研发了HELIX的单细胞扩展版本scHELIX，其可预测不同细胞类型及肿瘤亚群中转录本差异使用模式，为解析肿瘤内部异质性提供新视角。结果显示，不同肿瘤亚克隆之间存在明显的RNA剪接与转录本表达差异特征，为肿瘤演化研究及靶点发现提供了新思路。
这项研究完善了关于组织特异性和疾病相关剪接机制的认识，为癌症分型、致病变异解释以及精准医学研究提供了方法学支撑。
相关研究成果发表在《自然-计算科学》（Nature Computational Science）上。研究工作得到国家自然科学基金委员会等的支持。
论文链接
HELIX模型架构及训练数据
关于2024年陕西省优秀博士学位论文评选结果的公示 根据评选优秀博士学位论文有关要求，陕西省教育厅、陕西省学位委员会组 本报北京11月14日讯（记者 高毅哲）今天，教育部、人力资源社会保障部召开2025届全国普通高校毕业生就业创业工作会议，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻党的二十届三中全会精 当记者不久前在内蒙古鄂尔多斯市东胜区第十二小学见到全国特级教师、杭州市理想教育集团总校长俞国娣时，她正在为鄂尔多斯市“名校长工作室”的几位校长进行一对一的解答和指导。作为鄂尔 “我最喜欢到大班去玩，那里有我的好朋友。”“我带着小弟弟一起去看表演。”“我要到三楼去购物。”在厦门市第一幼儿园的开放活动时间，孩子们向记者说出自己想去的地方。近年来，厦门一幼每周拿 党的十八大以来，天津市委、市政府深入学习贯彻习近平总书记关于教育的重要论述，全面落实党中央、国务院决策部署和全国教育大会精神，坚守为党育人、为国育才的初心使命，教育强市建设取得积极进展 中国教育报-中国教育新闻网讯（记者 梁丹）11月6日，北京电子科技职业学院召开“三全育人”工作大会。学校师生，参与协同育人的企业、科研院所、政府机构代表齐聚北电科，共同探讨职业院校“三全育人 。本文链接：科研人员研发RNA转录本水平剪接调控预测模型http://www.sushuapos.com/show-12-3190-0.html
声明：本网站为非营利性网站，本网页内容由互联网博主自发贡献，不代表本站观点，本站不承担任何法律责任。天上不会到馅饼，请大家谨防诈骗！若有侵权等问题请及时与本网联系，我们将在第一时间删除处理。
上一篇： 微光成炬 春风化雨
下一篇： 卫星激光测距技术研究获进展