干细胞移植治疗肝硬化的弊端尚未明确，其主要优点为快速、安全、有效缓解不适症状、延缓病情发展、费用相对较低。具体分析如下：
1、快速：和常规治疗肝硬化的方式比起来，该项治疗见效速度更快。因为细胞繁殖速度非常快，健康的干细胞在进入患者体内后，可迅速取代受损的肝脏细胞，并复制健康的肝脏细胞，使肝脏功能在短期内恢复。
2、安全：和常规疗法比起来（如药物治疗容易产生不良反应、手术治疗可能会造成局部创伤等），该项治疗具有安全、毒副作用低等特点，健康的干细胞注入体内的过程通常不会造成痛苦，且患者的耐受程度相对较高，术后恢复速度也比较快。且自体骨髓干细胞移植不会产生排斥反应，术后不需要长期口服抗排斥药，
3、有效缓解不适症状：在干细胞代替受损细胞工作后，不适体征即可得到有效改善，如食欲提高、腹腔积液缓解、黄疸体征逐渐缓解或消失等。越是随着新生细胞数量的增加，肝功能改善也就会越明显。
4、延缓病情发展：该项治疗能够有效提升肝脏功能，并延缓肝硬化的发展速度。如果在代偿期就确诊该疾病，并进行干细胞移植治疗，患者一般不会发展至失代偿期。即便是进入失代偿期，也可有效提高肝脏功能，降低未来出现癌变的几率。
5、费用相对较低：该项治疗的整体费用偏低，与活体肝移植比起来，费用是后者的1/10左右。且患者不用等待供体，相对节省了时间。
需要强调的是，到目前为止该项治疗并未在各级医院普遍展开，仍然处于临床研究和试验阶段。因此确诊肝硬化后，应积极配合医生选择适合的治疗方案，必要时可考虑活体肝移植治疗。疾病治疗和恢复期，患者需戒烟戒酒、保持清淡饮食习惯、避免吃辛辣刺激性食物、有乐观开朗的心态。
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