近日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心团队等，开发了检测RNA结合蛋白（RBP）在RNA上结合位点的高灵敏、高信噪比深度测序方法uSpyCLIP，并运用这一技术揭示了两种目前应用最为广泛的Cas13核酸酶——Prevotella sp. P5-125 (Psp)Cas13b和Ruminococcus flavefaciens XPD3002 (Rfx)Cas13d的gRNA依赖性以及gRNA非依赖性脱靶结合位点的特征，为未来RNA编辑、检测和治疗应用中Cas13和gRNA的优化设计提供了指导。
该技术通过最小化RBP融合标签设计，降低了对RBP活性的干扰，在识别RBP结合位点时具有高灵敏性和特异性，可以在相同测序深度下检测到更多的结合位点，并支持仅使用1000个细胞完成RBP结合位点图谱测定。此外，uSpyCLIP技术依托磁珠进行操作，便于实现自动化、减少人工投入，且整个流程仅需两天。
研究人员运用uSpyCLIP技术，绘制出dPspCas13b-gRNA和dRfxCas13d-gRNA复合物在转录组中的结合位点分布图谱。结果显示，dCas13的结合行为比先前预想的更为广泛。研究同时对两种dCas13-gRNA复合物的脱靶结合行为进行表征和验证，证实dCas13蛋白的gRNA非依赖性脱靶位点，具有独特的RNA识别位点结构和序列特征。对gRNA依赖性脱靶位点的分析显示，gRNA的DR远端区和中部区域在决定结合特异性中具有关键作用。研究还发现，以上部分脱靶事件导致非靶标基因的mRNA和/或蛋白质水平基因表达发生变化。这表明，基于dCas13或dCas13—效应子融合蛋白的应用，如转录后调控、RNA成像和RNA编辑，可能因脱靶结合而产生复杂的毒副作用。
这一研究为检测Cas13的脱靶结合位点提供了新的技术手段与研究策略，并深化了关于Cas13系统的认知，为特异性gRNA的合理设计以及Cas蛋白的工程改良提供了理论支撑。
相关研究成果在线发表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上。研究工作得到得到国家自然科学基金委员会、科学技术部、中国科学院的支持。
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dPspCas13b-gRNA和dRfxCas13d-gRNA复合物脱靶结合位点的特征
近日，习近平总书记给中国国际大学生创新大赛参赛学生代表回信，对他们予以亲切勉励并提出殷切希望，在广大高校师生中引发强烈反响。大家纷纷表示，将矢志不渝地投身创新实践，勇担时代使命，在中国式现代化的广阔天地中更好 当地时间10月29日至30日，二十国集团（G20）教育部长会议在巴西福塔莱萨召开。会议围绕数字教育平台和课程资源建设、教育工作者能力建设、学校—社区联动倡议等议题进行讨论。教育部副部长陈杰出席会议并发言。 陈 近年来，学前教育得到快速发展，但仍是国民教育体系的薄弱环节，需要通过立法，贯彻落实党中央、国务院决策部署，破解突出问题，为学前教育高质量发展提供法治保障。在此背景下，《中华人民共和国学前教育 中国教育报-中国教育新闻网北京11月11日讯（记者 林焕新）学前教育法明确“幼儿园应当把保护学前儿童安全放在首位”。实践中如何落实？在今天教育部举行的新闻发布会上，教育部基础教育司司长田祖荫 中国教育报-中国教育新闻网讯（记者 杨国良）9月27日，重庆市召开秋季学前教育教研工作会，此次会议以“落实《幼儿园保育教育质量评估指南》提升学前教育质量”为主题，来自重庆市各区县及成渝共同体 教育部办公厅关于公布2024年通过普通高等学校师范类专业认证及认证中期审核专业名单的通知教师厅函〔2024〕20号各省、自治区、直辖市教育厅（教委），新疆生产建设兵团教育局，部属有关高等学校：根据 。本文链接：科研人员建立高灵敏RNA结合位点检测技术http://www.sushuapos.com/show-12-2689-0.html
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