近日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心团队等，开发了检测RNA结合蛋白（RBP）在RNA上结合位点的高灵敏、高信噪比深度测序方法uSpyCLIP，并运用这一技术揭示了两种目前应用最为广泛的Cas13核酸酶——Prevotella sp. P5-125 (Psp)Cas13b和Ruminococcus flavefaciens XPD3002 (Rfx)Cas13d的gRNA依赖性以及gRNA非依赖性脱靶结合位点的特征，为未来RNA编辑、检测和治疗应用中Cas13和gRNA的优化设计提供了指导。
该技术通过最小化RBP融合标签设计，降低了对RBP活性的干扰，在识别RBP结合位点时具有高灵敏性和特异性，可以在相同测序深度下检测到更多的结合位点，并支持仅使用1000个细胞完成RBP结合位点图谱测定。此外，uSpyCLIP技术依托磁珠进行操作，便于实现自动化、减少人工投入，且整个流程仅需两天。
研究人员运用uSpyCLIP技术，绘制出dPspCas13b-gRNA和dRfxCas13d-gRNA复合物在转录组中的结合位点分布图谱。结果显示，dCas13的结合行为比先前预想的更为广泛。研究同时对两种dCas13-gRNA复合物的脱靶结合行为进行表征和验证，证实dCas13蛋白的gRNA非依赖性脱靶位点，具有独特的RNA识别位点结构和序列特征。对gRNA依赖性脱靶位点的分析显示，gRNA的DR远端区和中部区域在决定结合特异性中具有关键作用。研究还发现，以上部分脱靶事件导致非靶标基因的mRNA和/或蛋白质水平基因表达发生变化。这表明，基于dCas13或dCas13—效应子融合蛋白的应用，如转录后调控、RNA成像和RNA编辑，可能因脱靶结合而产生复杂的毒副作用。
这一研究为检测Cas13的脱靶结合位点提供了新的技术手段与研究策略，并深化了关于Cas13系统的认知，为特异性gRNA的合理设计以及Cas蛋白的工程改良提供了理论支撑。
相关研究成果在线发表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上。研究工作得到得到国家自然科学基金委员会、科学技术部、中国科学院的支持。
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dPspCas13b-gRNA和dRfxCas13d-gRNA复合物脱靶结合位点的特征
近日，复旦大学马余刚院士团队和纽约州立大学石溪分校贾江涌教授团队合作在RHIC-STAR国际合作组首次基于高能重离子碰撞方 金属表面超疏水在自清洁、防腐、减阻和防冰等领域具有潜在的应用价值。当前，金属表面超疏水性能的实现依赖于传统的二元协同设计思想，即在材料表面制作微/纳米结构，进而采用低表面能有机物进行修饰。这种依靠粘附 新华网北京11月14日电 今日，教育部举办新闻发布会， 教育部职业教育与成人教育司司长彭斌柏介绍了我国职业教育改革发展的总体情况。彭斌柏介绍，党的十八大以来，在以习近平同志为核心的党中央坚强 新时代迈向中国式现代化的学前教育高质量发展离不开有力的法治保障。近日，《中华人民共和国学前教育法》（下称《学前教育法》）颁布。《学前教育法》设专章对幼儿园如何开展保育教育工作予以规范 “我最喜欢到大班去玩，那里有我的好朋友。”“我带着小弟弟一起去看表演。”“我要到三楼去购物。”在厦门市第一幼儿园的开放活动时间，孩子们向记者说出自己想去的地方。近年来，厦门一幼每周拿 中国教育报-中国教育新闻网讯（记者 尹晓军 通讯员 赵明）“The Gansu Jiandu Museum is China`s only provincial level museum focusing on bamboo and wooden slips”……翰墨著竹帛，一笔越千 。本文链接：科研人员建立高灵敏RNA结合位点检测技术http://www.sushuapos.com/show-12-2689-0.html
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